提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
康复期怎样避免心肌损伤?这5点不能忽视→******
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问:怎么判断自己是否患上了病毒性心肌炎?什么情况要去医院?
注意以下几种表现。
疑似出现病毒性心肌炎时,一般都会有胸痛、心悸、活动耐量减退的症状,比如说走走路、做做事情,就感觉到心悸、气喘,如果3周后症状还没有好转,需要及时就医。
医生通过心电图、心肌标志物、心脏彩超、心脏核磁共振等检查,会综合在一起来判定是否患上了病毒性心肌炎。
问:最近大家都在讨论病毒性心肌炎,听得我很焦虑,感染新冠后患上病毒性心肌炎的几率到底高不高?
发病率并不算太高。
首先,根据目前已有的临床病例,我们基本能够确定新冠病毒的确有可能会引发病毒性心肌炎。
病毒进入身体后,主要机理有2种,一种是病毒损伤了心肌,这其实只占比较小的一部分。而另一种情况是,人体感染病毒后,诱发了自身的免疫反应,产生对抗入侵病毒的抗体,但如果此时抗体出现“短路”,那么就会错误地攻击我们自身的心肌细胞,导致病毒性心肌炎的发生。在临床上,心肌炎属于危重疾病,猝死率很高,暴发性心肌炎死亡率达到20%~30%。
但不论是普通的心肌炎,或是由新冠病毒所导致的病毒性心肌炎,都属于相对罕见的疾病,发病率并不算高,大概每10万人每年会出现10~100例心肌炎患者。
实际上,绝大部分患者是在感染新冠病毒后,出现了心肌细胞受损,远远没有达到心肌炎的程度。
问:我“阳”了,康复期怎样避免心肌损伤?
做好这3点。
在抗原或核酸转阴后,不能一下子就“撒欢”了,想降低心肌炎及其他心脏并发症的风险,新冠感染后约3周需做好以下3点:
1.不要剧烈运动,不要过度劳累,尽量减缓工作节奏。
2.晚上不能熬夜,一定要早睡早起。
心脏是一个非常讲究昼夜节律的器官,它由交感神经、植物神经系统来支配整体运行。当你通宵达旦地熬夜后,哪怕睡足了8个小时,对心脏来讲,它的交感神经兴奋性也会增高,压力会增大,那么就可能导致恶性的心律失常。
3.充分补充营养。
充分补充维生素类、高蛋白类食物,还要注重摄入微量元素,比如钾、钠等电解质,对心脏都有好处。
问:我已经“阳康”了,多久后能锻炼?
4周后可以逐步恢复锻炼。
大部分轻症患者症状消退后2~3周内,不要进行高强度运动。4周后若身体没有不适,可循序渐进地锻炼,但一定要把握好度,不能一上来就恢复到原来的运动量,要慢慢来。
问:听说辅酶Q10对心脏好,要不要先吃上,避免心肌炎?
不需要。
辅酶Q10又称泛素酮,是一种天然存在于人体的物质,心脏、肝脏、肾脏和胰腺中的含量最高。
如果得了心肌炎,在医生的指导下服用可能有帮助,但对于预防心肌炎来说,辅酶Q10是没有用的。
目前,没有明确证据支持辅酶Q10可以预防心脏疾病。只要能够正常进食,并且做到均衡饮食,通常不会缺乏辅酶Q10。